海底的魔光炉
海底魔光炉建造在海底的一个基地中。在乔思城,克劳特找到了一队正准备前往海底魔光炉的士兵,于是就跟在他们后面一起到达了那里。当他们赶到海底魔光炉前,发现那颗水晶被机械手运走了。蒂娜猜测它一定是准备把那颗水晶送到潜艇里。大家于是一起赶往港口。在港口,机械手正把那颗水晶放人一艘潜艇中。克劳特让站在港口的雷诺把水晶交给他,但雷诺不同意,并把防卫机器人叫出来阻止克劳特。当克劳特等人击毁了防卫机器人后,那艘装载着水晶的潜艇已经开走了。为了能够追上它,克劳特抢了另一艘没来得及开走的潜艇追了上去,并展开了一场海底大战。最后击毁了那艘红色的潜艇,从被击毁的潜艇上拿回水晶。
火箭村
回到地面后,克劳特赶到火箭村去夺取火箭。神罗已经在那里布下了重兵。为了制止神罗在自己制造的火箭中胡来,船长坚决要求亲自参战。打败了在这里看守的鲁特之后,克劳特等人来到火箭舱内,这里都是当初和船长一起制造火箭的人。他们说自动发射装置已经准备好了,火箭随时都可以升空,只是希拉还在检查火箭内部的安全。经过读秒后,火箭飞到了太空,由于火箭的轨道是冲向陨石的,船长决定利用救生舱回到星球上。
正当船长为他实现了生平最大的愿望而感到高兴,走在救生舱的通道时,由于通道内有一个金属罐发生了故障爆炸了,碎片压住了船长。碎片很重,克劳特无法和伙伴一起把它抬起来,这时船长想起了希拉的话,为没有听她的话感到后悔。这时希拉听到了爆炸声,来到了舱内。原来她又因检修设备而留在了舱里。她和克劳特等人抬起了碎片救出了船长。一起乘救生舱回到了星球上。火箭中还有另一颗经过魔光炉压缩的水晶,可在解除爆炸装置时得到。这颗水晶可在科斯莫加尼奥村(CosmoCanyon)的长老处改造成一颗可以召唤神龙的召唤兽水晶。
火箭笔直地飞向陨石,并在陨石上发生了爆炸。世界各地的人都在关注着这次爆炸,期待着陨石的消失。刺目的闪光消失之后,陨石只缺了一块,依然漂浮在空中。大家都感到非常绝望,蒂娜和船长过来劝大家不应该放弃希望,应再想一想别的办法。这时红色13号忽然想起当它离开故乡时,长老曾对它说如果以后需要他的知识,随时可以去找他。这使大家又燃起了希望之火。
科斯莫加尼奥村
回到科斯莫加尼奥村,找到了长老。长老说在迷失道路时应该冷静,想一想有没有什么东西被忘记了。克劳特仔细地想了想,记起了艾丽丝死前说过她知道阻止陨石的方法。但是,现在艾丽丝已经死了,再也没有人知道这个方法了。于是长老提议再到艾丽丝死去的地方看看,也许有什么线索。
古代种之都
在古代种之都左边的岔路里,克劳特和长老找到了一个奇异的地方。长老说上面刻着古代的文字,这些文字表明阻止陨石的唯一方法是使用究极的白魔法,也就是神圣之光。手持白水晶的人可以和星进行交流。当这个人真诚地向星祈祷,并且他的愿望被星所知道时,神圣之光就会出现,一切邪恶的东西都会在神圣之光面前消失,这是由星来判断的。听到这些,克劳特又感到绝望,那颗白水晶在艾丽丝被杀害时掉到海里了,现在也不知道在什么地方。长老说祭坛上还刻有古代种的文字,似乎和神圣之光有关,他无法看懂。由于这是一些象形文字,于是他让克劳特去看,克劳特也只看明白了“阳光永远照不到的地方”和“钥匙”两个意思。由于没有其他线索,于是长老就让先他去找钥匙。
海底
永远没有阳光的地方也许在海底吧。果然,克劳特在海底的一个洞穴中发现了几千年前的不明物质,很可能就是古代种的钥匙。由于没有肯定的答案,克劳特在海底的其它地方寻找时发现了一架沉在海底的飞船。这艘飞船中有神罗为了和赛菲罗斯对抗而储存的装备。在经过了海底的另一个洞穴后,升到了一个群山环抱的湖中。在瀑布后面找到了隐藏的山洞。山洞中,文森特见到了他过去的恋人露可莱茵亚。他对大家说起他了在神罗达克斯时和露可莱茵亚的恋情,以及他被宝条变成妖怪的经历。这更增添了他对神罗和宝条的憎恶。克劳特在其它地方也没发现什么可疑的东西,就准备回去见长老。
把钥匙拿回去交给长老后,长老把它插进了另一边的祭坛中,于是发生巨大的变化,使洞顶裂开了一道巨大的裂缝,一道瀑布冲到祭坛上,在水中印出了艾丽丝所留下的信息。这时忽然电话铃响了,凯特说他得到消息,鲁弗斯把安置在乔思城的大炮运到了米德加。
米德加
大家又回到了外面,忽然地面又发生了震动,一只巨大的怪兽出现在米德加附近的海面上,并朝米德加方向走去。为了阻止怪兽伤害无辜的人,克劳特决定去阻止那只怪兽。这时的鲁弗斯等人也准备用这门大炮对付赛菲罗斯。当怪兽走近以后,克劳特发现它实在太大了,根本拿它没有办法,于是只好回到飞船中。怪物走到米德加附近后停了下来,打开身上的外壳向米德加射出了许多能量光束。而米德加的大炮正在装填魔光炉中所提供的能量,聚集了足够能量之后,向赛菲罗斯设在大空洞上空的结界发射。由于怪物处在与结界同一条直线上,也被大炮所发射的能量炮弹击毙了。克劳特在飞艇的通讯屏幕上看到正当鲁弗斯为自己的计划成功感到高兴时,怪物死前所发射的能量光束击中了他所在的房间,在一片爆炸中鲁弗斯结束了生命。
大空洞
克劳特等人看到结界消失了,准备进入内部去消灭赛菲罗斯。当他们来到了大空洞的边缘时,凯特忽然提出鲁弗斯死后神罗失去了最高首领,那个武器部长和治安部长士定会胡来。果然那两个人在得知社长的死讯之后,根本不顾米德加的安危,只准备使用神罗为对抗巨兽而开发的新型机器人来对付克劳特和他的伙伴们。而这时那个科学狂人宝条博士偷偷地控制了大炮和魔光炉,准备把魔光炉中的能量输送给赛菲罗斯。这时大家终于知道了凯特的真实身份是神罗开发部的利普。为了不让米德加的人们受到伤害,克劳特必须制止这几个人的疯狂行为。由于无法从地面进入米德加,克劳特和伙伴们从飞艇用降落伞空降到城内。在通往宝条所在房间的道路上,一个巨大的机器人拦住了众人的去路。那个武器部长和治安部长坐在机器人里,得意洋洋地说这是他们为了对付巨兽而研制的机器人,这次一定能干掉克劳特。但是他们又失败了,由于无法从机器人内部逃出,两个人都炸死在了自己心爱的机器人里。
最后,克劳特找到了宝条博士。而这时能量传送也几乎要完成了,要阻止他必在很短的时间内打败他,并按下终止钮。宝条博士认为这几乎是不能的,于是告诉克劳特,他就是赛菲罗斯的真正父亲,他这个父亲一定要为儿子做些什么。为了防止有人捣乱,他在自己的身体里注入了捷诺娃的细胞。他要用捷诺娃的力量给克劳特一点颜色看看。但是这个人好象又失算了,即使有捷诺娃的能力也不能对付克劳特。克劳特终于阻止了能量的发射。现在可以向大空洞进发。
赛菲罗斯正在大空洞的中心等待着克劳特。经过一场激战后,打败了赛菲罗斯,但他还没有死,在生命之河中,克劳特又找到了他,愤怒地击出“超究武神霸斩”绝技,粉碎了赛菲罗斯的身体。这时神圣之光终于出现了,它喷出了大空洞,向陨石飞去。但这时不能阻止陨石,在陨石穿过神圣之光,渐渐压向地面时,艾丽丝灵魂的祈祷使生命之河流出了地面,并和神圣之光一起阻止了陨石。这颗星终于得救了。五百年后,在一片荒凉的大地上,一只老狮子带着两只小狮子在崎岖的山路上奔跑着——它就是红色13号。它又来到了当年同伙伴们并肩战斗过的米德加大陆,看着早已变成废墟的魔光都市,它向天空发出一声大吼,似乎在向自己的孩子们诉说着当年那段不平凡的经历。天边,一群白鹤悠闲地从它们头上飞过,消失在遥远的天空中。