草原

克劳特等人在草原上找到一个步行鸟牧场(ChocoboFarm),场主说草原深处有一片沼泽地,里面有可怕的大蛇出没,只有骑步行鸟才能通过。而且要抓到野生的步行鸟必须有一颗和步行鸟交往用的水晶。向牧场里那只站在最边上的步行鸟调查,就可发现水晶。出牧场,在有脚印的地方就能够见到步行鸟。骑上它,不但可以穿越沼泽,而且可以避免遇到敌人。在沼泽那一边的山洞口看到一条被杀死在沼泽地中的大蛇。只有赛菲罗斯能做这件事,看来赛菲罗斯已经到达山洞的那一边了。在山洞里又碰到了达克斯的人,似乎他们的目的也是寻找赛菲罗斯,而赛菲罗斯的目的地似乎是丘恩(Junon)。

丘恩城

穿过山洞,在海边可以找到丘恩城。丘恩是神罗的一个重要的军事据点,通往基地的道路被一扇大铁门所隔断,无法进入。基地旁的海滩上有个小女孩正和一只海豚嬉戏。这时,天空飞来一只怪鸟向海豚袭击,小女孩为了救海豚摔倒在海里,晕了过去。于是克劳特打死这只怪鸟救出了海豚。小女孩被淹个半死,这时有个老人走过来告诉克劳特想要救她的话,只能给她做人工呼吸。先吸气,再把吸进去的气吐出来,在光标指向肺部最高点时,将气吐出就可救活小女孩。

克劳特他们在村口附近的屋子里住了一宿,早晨从基地内部那边传来了乐曲声,原来是基地里的士兵为了迎接新社长的到来而奏的欢迎曲。克劳特正在想怎样才能进入基地时,昨天被救的小女孩提议可以利用海豚的力量,于是她带克劳特来到海边,利用海豚的跳跃,把克劳特送到铁塔上从而进入基地。但是要注意不要太靠近铁塔,否则会被高压电击晕。

欢迎仪式马上就要开始了,长官忽然发现还缺少一个士兵,这时他看见了克劳特,以为他是新来的人,于是让他赶快换衣服,参加欢迎仪式。欢迎仪式是参加队列表演,因为他们已经迟到了,必须想办法加入行进的队伍中。这时下方的收视率的高低可以左右所获得奖赏的优劣。加入队列的方法可以像一开始看到的那个士兵的一样,跑入队伍中,随后在其他士兵举起枪时举枪。队列仪式以后,长官对什么也不会的克劳特进行了有关欢迎仪式的其他内容的特训。训练结束后,距下一段欢迎仪式还有一段时间,可在基地里转悠转悠。穿过了一个通道之后,克劳特来到了码头边。新社长正准备登上登陆舰到另一片大陆去。于是士兵又举行了欢送仪式(根据提示控制举枪动作和转向动作)。在把新社长送上船以后,克劳特一行人也偷偷地跟了进去。

船上

在船上,所有的同伴都改变了装束,只能通过名字来确认。向伙伴了解了情况以后,却没有找到巴莱特。巴莱特在船头部分,正在偷听神罗社长鲁弗斯与治安维持部门的部长谈话。这时忽然传来警报声,船上发现有来历不明的人。夜里所有的伙伴都会集在甲板上,讨论了目前的局势,认为来历不明的人只可能是赛菲罗斯。于是克劳特决定去调查一下。他们回到了船舱时,发现水手都被杀死了,血流了一地。而原来有卫兵守卫的房间,由于守卫已经死了,现在已可以进入。克劳特走进去,这时赛菲罗斯出现,他已变成了一只怪物。打败他后发现这只怪物只是捷诺拉的一只手。过了一会儿,连这只手也消失了。

科斯塔·达鲁·索恩港

穿过了大海,船在科斯塔·达鲁·索恩港(CostaDelSol)靠了岸。这里是个渡假圣地,到处充满美丽的热带风光。克劳特向港口入口附近的导游小姐询问,得知港口南方有个著名的游乐场,几乎所有到这里的人都会去那里。于是克劳特等人向着游乐场的方向走去。但是似乎没有路可以直接到达游乐场,听人说南方有个山洞。众人来到位于最南端的山洞,穿过了山洞后,看到了一座魔光炉。穿过了铁道桥克劳特等人到达了北克莱鲁(NorthCorel)。

北克莱鲁

刚进入村内,巴莱特就被村民责骂了一顿。一向脾气暴躁的巴莱特此时却一声不响。克劳特很惊异地问他原因,巴莱特说这里曾是他的故乡,可是由于他的所作所为使它被埋在了沙漠里,已经有四年了。而侥幸活下来的人就住在现在这个破烂的村子里。接着巴莱特又为大家解释说:北克莱鲁自古就是一个以盛产煤炭而闻名的地方,4年前才听说有魔光炉,神罗的人说只要建了魔光炉就可以过上幸福的生活。由于巴莱特的坚决支持,村里人不顾巴莱特的好友丹的反对,建造了魔光炉。不久,魔光炉出了事故,神罗却把责任全推在了他们身上。为了防止有反抗,神罗派来了军队,烧毁了村子,杀死几乎所有的村民。巴莱特为当时的执着懊悔不已,不断地责骂自己。蒂娜劝慰他这是神罗的罪责,和他没有关系。随后巴莱特告诉克劳特通过这里的有轨缆车可以到达游乐场。

游乐场

众人通过缆车来到了一个很大的游乐场,里面有各种各样的游乐设备。艾丽丝提议在此玩上一天后,再继续寻找赛菲罗斯的行踪。大家都很赞成,唯独巴莱特非常生气,看到其他人似乎并不附合他,就独自一人去找赛菲罗斯了。于是克劳特只好带着艾丽丝等人在游乐场里游览。不久来到写着Wonder的部分,克劳特见到一只猫骑在一个奇怪的动物身上,它自称是奸细,可以通过占卜了解的命运。于是克劳特也请它占卜了几次,其中有一次说克劳特会丢失他最重要的东西。随后,它执意要加入队伍一起冒险,克劳特只好同意。当一行人来到写着Battle的地区时,发现这里到处是死人。奄奄一息的服务小姐告诉克劳特这是一个一支手是枪的怪人干的,于是克劳特马上想起了巴莱特。此时游乐园的园长出现了,他误解了当时的情景,把克劳特等人当成了凶手。于是,他叫来防卫机器人将克劳特等人扔进了沙漠。

沙漠

克劳特在沙漠中的一间破房子里找到了巴莱特。巴莱特说这不是他干的,并说还有一个人也把手装成了枪。当克劳特问那个人是谁时,巴莱特却为大家讲了他的手变成枪的原因:原来在四年前,神罗军队烧毁了村子的时候,他和丹正在回村的路上,村长跑来告诉他们神罗的军队正在村里作恶,他们登上山崖一看,村里火光冲天,一片混乱。这时神罗的士兵赶来把村长打死了,并举枪向巴莱特两人射击。逃跑途中丹被击中,在掉下悬崖的一刹那,巴莱特伸右手抓住他左手。神罗武器部门的部长斯卡莱特残忍地向巴莱特的右手射击,被子弹击中时,他的手不由得一松,丹掉下了悬崖。从那以后,他的右手再也不能使用了,因此他就把右手改成了枪。总有一天他会用新的右手向神罗报仇。后来,他听说有一个人也做了同样的手术,并活了下来,和巴莱特唯一不同的是改成枪的是左手。那个人也许是丹吧!

为了寻找离开这里的办法,克劳特向周围的人打听。某一个人告诉他只有坐汽垫船才能离开这里,但是首先是要在陆行鸟大赛取胜。在一辆破烂的大卡车里,克劳特找到了这里首领的副官,他说首领现在不在,谁也没有办法离开。于是克劳特只好去找首领,忽然发现守卫通往沙漠之门的人被打死了。于是在穿过了一大片汽车的废墟之后,众人见到了一片坟地。

坟地

有个人正站在坟地前,巴莱特一下就认出那人正是丹。巴莱特为丹还活着感到高兴,并告诉丹他的女儿玛琳还活着。他在大火之后的村子里找到了她。现在她在米德加。丹似乎没有原谅巴莱特的意思,并提出要和巴莱特决斗。在决斗中,丹由于从前从悬岸上掉下去时摔坏了腿,所以无法长时间战斗,终于败给了巴莱特。由于得知了玛琳还活着的消息,从而改变了他在失去亲人后那种暴戾的性情,他开始对以前随意杀害无辜的人感到后悔,为了洗清罪过,他毅然跳下了悬崖。在跳崖前他请巴莱特好好照顾玛琳,并把气垫船的钥匙交给了巴莱特。

沙漠

再次回到沙漠里的村庄找到副官,那人见到气垫船的钥匙后,立刻对克劳特等人变得毕恭毕敬起来,并拐弯抹角地问丹是不是已经死了。巴莱特等人十分看不起他,坚持仍然要在陆行鸟大赛获胜后才离开。这时走来一个漂亮的姑娘,她带着克劳特经过电梯来到了步行鸟大赛的赛场。经过一场激烈的比赛终于取得了胜利。克劳特等人开着气垫船穿过沙漠和浅河。

向南来到一片树林中,克劳特发现了一片废墟。于是就到里面查看一下,路上碰到了达克斯的鲁和雷诺,他们似乎在等什么人。这时达克斯的另一名成员依莉娜来了,她说已经找到了“古代种”的消息,并要向琼报告。说完她就先走了,而鲁特和雷诺上来拦住克劳特等人。但是他们似乎不是对手,于是装作没有时间的样子逃走了。