自然主义村

众人来到一个叫做自然主义村的地方,有个村民说赛菲罗斯正在寻找古代“种神殿”。要想进入神殿必须要拥有一块奇特的石板。而在游乐场附近一个小屋里,克劳特听说游乐场的园长泰奥有这块石板,并且放在展览厅中进行展示,还说在神殿中隐藏着究极的破坏魔法。于是,克劳特再次来到斗技场中找到泰奥,泰奥说克劳特必须在斗技场中连续打败8个怪物来证明他的实力。克劳特获胜后,泰奥心悦诚服地把这块石板和其他一些宝物给了克劳特。

当众人要离开时,却发现通向外界所必须的吊轨缆车坏了,不得已克劳特等人只好在游乐场住一夜。但克劳特怎么也睡不着,这时艾丽丝来找他,约他一起到游乐场去玩。当他们来到大剧院去看戏时守门人请他们当今晚戏剧的男女主角。于是艾丽丝和其他演员在台上演了一出英雄救美人的戏。然后他们又到观览车里观看了游乐场灯火辉煌的夜景。在回去的路上,克劳特突然看见了凯特·西斯,他手里拿着那块石板(就是古代种神殿的钥匙)。这时凯特也发现了克劳特,于是就向出口逃去。克劳特怎么也追不上,眼看着他把石板交给了直升机上的琼。直升机飞走了,凯特并没有逃走。克劳特问他为什么这么做,他说他被神罗的米德加控制了这个玩具身体。由于克劳特等人拒绝和他继续在一起,他甚至用玛琳做人质,无奈众人只好同意。

种神殿

第二天,克劳特等人坐飞机前往东海岸的古代种神殿(TempleoftheAncients)。在古代种神殿的祭坛上,众人看见琼倒在地上并且受了重伤。他说赛菲罗斯已经进入神殿了。众人听罢,急忙从琼手中拿过钥匙进入了种神殿。将石板放在祭坛上之后,发生了奇异的变化。克劳特等人渐渐沉入了地下,来到古代种神殿的内部。穿过曲折的道路,来到了一个山洞里。这个山洞里有很多有凹陷的大石头滚了过来,大家躲在石头凹进的地方才能逃过劫难。最后来到这条道路的尽头时,这些石头就消失了。神殿中有一潭泉水,艾丽丝感觉到泉水中古代种的意识,艾丽丝让大家从这潭泉水里看到赛菲罗斯来到这里的情景:在那间有壁画的房间里,赛菲罗斯把雷特打倒在地。

为了找到赛菲罗斯,大家继续前进去找那间有壁画的房间。穿过这个山洞就来到一个像时钟一样的房间里,在这里必须通过时针和分针才能到达标志着每个时刻的门里,可以通过时间精灵来控制时针和分针的移动。如果被秒针所碰到就会掉入地下室。在5点钟的位置有一枚可防止一切状态攻击的戒指,是很有用的宝物。大家通过6点钟的通道来到了一个有很多洞口的山洞中,这里有一个长着长胡子的老人把通往壁画之屋的门锁起来了,只有抓住他才能拿到钥匙。进入壁画之屋后,克劳特等人看到了很多赛菲罗斯的幻影。在壁画之屋的尽头找到了赛菲罗斯。赛菲罗斯说这里是古代种知识的宝库,在墙上画的壁画就是最厉害的破坏魔法——陨石。在星受了损伤时,为了治伤,它会在伤口周围聚集精神能量。伤口越大,聚集的精神能量就越多。赛菲罗斯打算利用陨石在星上打开一个很大的伤口,这样在伤口周围就会聚集巨大的精神能量,而他就在这个伤口的中心,利用这些能量得到新生,可以变成人们所信奉的神。说完他就飞走了。

正在克劳特等人观看壁画时,出现一条龙袭击他们。击败这条龙以后,克劳特等人又回到房间的尽头,那里有一个像金字塔一样的东西浮在空中。艾丽丝读了上面的字,原来这就是黑水晶。由于黑水晶是这个古代种神殿的凝结体,如果把它拿走的话,整个神殿就会毁灭。这时凯特打电话来告诉克劳特,他能够拿到黑水晶,并不把它交给神罗或赛菲罗斯。克劳特只得相信了他,并到他所说的出口去找凯特。出口有一个很厉害的怪物守着,魔法攻击对它没有什么效果,如果没有最高级的全员恢复魔法将很难取胜。消灭了它以后,凯特来到了洞里。他让其他人在出口处等他,自己则牺牲了生命拿到了黑水晶。

古代种神殿颤抖了一阵,随后整个消失了。在地面的大坑底部留下了那颗黑水晶。克劳特下到坑底取到了水晶。没有这颗黑水晶,赛菲罗斯也就没法召来陨石。这时赛菲罗斯出现了,他控制了克劳特的意识,抢走黑水晶。而克劳特在神智不清的时候,艾丽丝为了制止赛菲罗斯使用陨石,独自一人去了“眠之森林”。

眠之森林

克劳特在北方的波比莱西村找到了眠之森林。那里的村民说如果想要进入眠之森林必须有传说中“露娜的竖琴”。露娜的竖琴就在这个村里的地下埋藏着,需请专门人员用炸弹把地面炸开才能找到。酒吧门口的那个人就是专门做这件工作的,让他到第二层地面大坑左边的山崖边上,把那里炸开,得到露娜的竖琴。在眠之森林里,常常可以看到一个小红点飘来飘去,如果抓到它就可以得到一个召唤兽。

古代种之都

穿过了眠之森林,来到了古代种之都。这里哪都找不到艾丽丝,克劳特等人只好就在其中的一间房子里住了一宿。半夜里克劳特忽然感到艾丽丝就在附近,在3条岔路中走中间那条,来到一间房屋前,原来挡路的那条鱼不见了,出现了一条密道。通过几乎透明的楼梯,来到了水的祭坛,艾丽丝正跪在祭坛中祈祷着什么。当克劳特一个人向她走过去时,他的意识又被控制了。他努力地克制着自己,来到了艾丽丝身边。他刚想对艾丽丝说些什么,赛菲罗斯忽然从天而降,杀死了艾丽丝。克劳特把死去的艾丽丝抱在怀里,又悲伤又愤怒。赛菲罗斯却对克劳特有感情感到奇怪,并让克劳特不要再装下去了。他将在极北的约定之地等着克劳特的到来。说完变成怪物与克劳特作战。当怪物被打死后,赛菲罗斯在空中说:克劳特,你只是一个木偶,是没有感情的。克劳特怀着及其悲伤的心情,把艾丽丝葬在屋前的湖水中。赛菲罗斯说过他将在极北的约定之地等待他,于是顺着他感觉到的赛菲罗斯留下的踪迹,来到了冰村。

冰村

这里长年覆盖着厚厚的积雪,再往前有宽广的大冰河拦住了去路。村里的人说只有一个人曾经穿过大冰河,来到了那陡峭的悬崖处。克劳特在这里遇见了伊莉娜,她说希望克劳特等她的老板到了以后再走。由于克劳特没有同意,她为了不使克劳特冻死在大冰河中,就把克劳特打昏并送到一间无人居住的房间中。克劳特醒来以后,发现自己的周围是各种各样的仪器。从录像带中发现这里原来是艾丽丝出生的地方,里面播出的内容是艾丽丝的父亲卡斯特博士所录下的,上面记录了星的危机和艾丽丝母亲伊菲露娜。

伊菲露娜是残存的古代种后裔,她曾被神罗当成实验品,被卡斯特博士所救。她告诉卡斯特博士:赛多拉人很早以前旅行到这颗星时,听到这颗星发出的呻吟,接着发现了这颗星有一个很大的伤口。于是几千个赛多拉人一起为星治伤。但是,这个伤口太大了,只能靠星自己长年累月地恢复。这个伤口是很久以前被一个不明物体所撞伤的。直到那时,那个东西仍然在伤口的中心。赛多拉人把那个东西叫做捷诺娃。此时,捷诺娃也开始用一种伪善的态度接近周围的赛多拉人,并使他们染上了一种病毒。被感染的赛多拉人逐渐迷失了本性,变成了怪物。为了治伤,星在伤口周围聚集了大量的精神能量,使伤口周围的土地急速枯竭,这就是这里积雪常年不化的原因。但是星始终不能治好伤,它渐渐感觉到只要捷诺娃还在,伤口就不能被治好,于是星用自己的意志创造了与捷诺娃作战的武器。但是由于少数生存下来的赛多拉人打败了捷诺娃,并把它封印起来,所以这一武器没有被使用,但也没有消失,而是在不为人知的地方长眠着。但是星的伤也一直没能治好,它也一直监视着被封印的捷诺娃。不知哪一天,捷诺娃总会复活的。讲到这里,她似乎已经很累。博士不让她再讲下去,说只要有她和艾丽丝就够了。但是有一天,神罗的宝条博士找到了他们,卡斯特博士拼尽了最后的力量,让艾丽丝和她的母亲逃了出去。

看完录像后,克劳特对真相有了更深的了解。为了继续寻找赛菲罗斯,拯救这颗星,克劳特继续向村人打听情况。村里人说想要越过大冰河,只有使用滑雪板才行。于是克劳特在一间房子里向小孩借到了滑雪板。另外有人告诉克劳特,登山家的儿子把大冰河的地图留在了家里,拿到了地图就不会在冰河里迷路。于是克劳特在村口右边的房子中找到了那幅地图,然后离开了这里。

大冰河

克劳特穿过漫长的雪道,来到了大冰河,但是找不到继续前进的道路,最后晕倒在大冰河里。当他醒来时已经躺在一间小木屋中了,屋里的人说他已经昏迷了好几天了。这个人是登山家的儿子的朋友,曾经和他一起攀登过那堵陡峭的悬崖,由于那里的气温非常寒冷,那次攀登最后失败了。从那以后,他就在这里建了这所房子,为那些敢于向峭壁挑战的人提供帮助。他提醒克劳特随时要保持体温,否则会被冻死。

极北大空洞

克劳特来到门外,伙伴们已经在等着他了。选择了一起同行的伙伴后,克劳特就向峭壁的方向跑去。爬上了一面又一面峭壁,终于来到最顶端。这里是一座环形山,看起来好象有一颗大陨石撞击过这里。在山口的中心,精神能量喷泉喷涌而出,那就是星为了治伤而集中的能量。赛菲罗斯就是要夺走这些重要的能量去使用陨石,给星造成更大地伤害。这时神罗的飞空艇出现了,他们也找到了这里。神罗的社长鲁弗斯宣称约定之地归他所有,那个宝条博士却说那里是融合的终点,不是任何人的东西,所有的人都将会聚在那里。在大空洞中,有好几处被能量风暴所笼罩着,只有在风暴停息的片刻才能通过(即在画面比较清晰的时候)。克劳特找到了赛菲罗斯,打败他后夺回了黑水晶。为了不让黑水晶再被其他人夺走,克劳特把它交给了红色13号,并叮嘱他绝不能把它交给任何人,自己则和其他伙伴继续向风暴中心前进。忽然克劳特来到一个非常眼熟的地方,仔细一看竟然是尼布鲁贝依姆,眼前又出现了五年前的情景,但是这回跟着赛菲罗斯一起来到这里的并不是克劳特,而是一个长得和他非常相似的黑头发的人。正当克劳特和伙伴为此感到迷惑时,周围又变成了一片火海,这到底是不是幻觉呢?这时赛菲罗斯出现了,他问克劳特是否明白了。但看起来克劳特什么都没有明白,于是他开始为克劳特解释这一切并不是幻觉,这是他所看到的这个世界的真实的过去,克劳特只是一个木偶,是在那场五年前的尼布鲁贝依姆大火之后,宝条博士用捷诺娃的细胞以及高浓度的魔光能量所创造出来赛菲罗斯的复制品。蒂娜感到很奇怪,就问赛菲罗斯如果他是五年前所创造出来,那么怎能知道星空之夜所发生的事呢?赛菲罗斯为此解释说克劳特身体内的捷诺娃有了解他人记忆的能力,他脑子中的一切实际上是蒂娜的记忆。为了让克劳特相信这一切,他在躺在地上的人的衣兜里找到了那张五年前的照片。照片上的人果然不是克劳特,而是那个黑头发的人。看到这张和记忆稍有不同的照片后,克劳特最后的精神防线也崩溃了。这时神罗的人来到了风暴的中心,那里有一颗巨大的水晶。正当鲁弗斯为找到约定之地而高兴时,忽然看到冰层后有双巨大的眼睛,宝条说这就是卡斯特博士所说的“武器”,是星自己创造出来的怪物。

此时红色13号正焦急地等着克劳特。突然周围发生了巨大的变化,什么都看不见,连它也不知道自己在哪了。这时蒂娜忽然跑了过来告诉它克劳特需要帮助。于是它就向蒂娜所在的方向跑去,准备帮助克劳特。在红色13号走远以后,这个蒂娜恢复了原来的样子,原来她是赛菲罗斯变的。

红色13号带着黑水晶找到了克劳特,这时克劳特已经相信了赛菲罗斯所说的话,认为他是一个由宝条博士所创造出来的赛菲罗斯的复制品。他从红色13号那里拿到黑水晶,准备把它交给赛菲罗斯。他还向宝条博士说他是一个失败的作品,希望博士能给他一个编号。这时鲁弗斯对此感到很奇怪,就问宝条博士他到底是什么人。宝条博士说这是赛菲罗斯失踪以后,他用捷诺娃的细胞和魔光能量加上他的科学知识和技术所产生的科学和神秘所结合的新生命,是赛菲罗斯的复制品。即使这次试验失败了,也能证明捷诺娃的身体即使被粉碎了,经过了一段时间以后,也会重新在一个地方汇聚起来。现在,这种汇聚已经开始了。赛菲罗斯的意志通过生命之河传到各个地方,感受到它的复制品们将向这里汇合。这种捷诺娃的力量加上赛菲罗斯的意志所产生的威力,将是不可预计的。宝条博士为他的成功狂喜不已,蒂娜说如果赛菲罗斯拿到黑水晶,就会召来陨石,所有的人都会死去,这并没有什么可高兴的。这时鲁弗斯让宝条博士赶快离开这里,看见了蒂娜等人以后觉得他们似乎还有利用的价值,就把他们一起带走了。克劳特把黑水晶交给了已在风暴中心等待水晶的赛菲罗斯,一刹那间能量巨增,像火山爆发一样喷了出来。

蒂娜醒来时,发现自己躺在一张床上,旁边站着巴莱特。于是她就问克劳特和赛菲罗斯在什么地方。巴莱特说他不知道克劳特在哪,赛菲罗斯就在极北的大空洞中由结界保护着的地方休眠。而且周围有很多史前才有的怪物,它们随时可能来袭击这个世界。为此,鲁弗斯已经在准备作战了。但是在他看来失败只是时间的问题。蒂娜问起陨石,巴莱特打开了卷帘窗,一颗燃烧着红色火焰的大陨石出现在半空之中。这时鲁弗斯进来了,说宝条博士正在调查有关克劳特的事情,现在他们已经没有任何用处,将以肇事者的罪名给予处刑。治安维持部长把巴莱特和蒂娜带到一个大房间里,房间里有许多记者将对这次处刑进行实况转播。蒂娜首先被斯卡莱特带进了毒气室,在把蒂娜绑到椅子上之后,士兵离开时不小心把钥匙掉在了地上。这时忽然响起了警报声,说有怪物来袭,所有的人都慌忙逃走了。只剩下一个又胖又高的人,正当斯卡莱特向他表示敬意时,却被这个人用催眠气体熏晕了。这个人原来是凯特假扮的。他救出了巴莱特,让巴莱特赶快去帮助蒂娜。但是巴莱特无论怎样也打不开那间毒气室的门,于是凯特提议到旁边的房间中看看有没有其他通路。可是当他们刚刚离开这个房间,房间的铁门就被锁上了。门里传来斯卡莱特得意的笑声,原来晕倒的样子是她装出来的。现在已经没有办法直接帮助蒂娜了,所以凯特提议先去抢飞空艇,然后再找机会来搭救蒂娜。巴莱特尽管很不乐意,但也只有如此了。这时鲁弗斯命令丘恩城上的大炮向海上袭来的怪物开炮,但是没有任何效果。由于没有时间再次装填炮弹,只得用其它炮火进行攻击。但怪物对此毫不理会,一头撞到了基地上。随后,它从水中直立起身体,张开大口喷出一道能量光束,正好把蒂娜的毒气室烧开了一道口子。正当它再次准备喷射能量光束时,沉默多时的大炮再次怒吼,将怪物的头部炸成了碎片,无头的怪物才落回到水中。由于刚才的冲撞,震开了毒气阀门。现在已经没有时间等巴莱特来救援。

蒂娜看到警卫丢在地上的钥匙后,开始想办法用那个钥匙自己打开锁。用脚够到钥匙,然后坐回到椅子上,把钥匙叼到口中,打开右手的锁,再打开左手的锁。能够自由活动以后,蒂娜来到椅子左边的阀门处关上毒气,从被怪物烧开的洞中逃了出去,一直逃到大炮的炮管上。这时前无去路,斯卡莱特也从后面追了上来,找来士兵抓蒂娜。正在这时,巴莱特坐着飞艇出现了。他把一根绳子扔向蒂娜,把她救上飞艇。

在飞艇上蒂娜仍然很关心克劳特的下落,红色13号说生命之河有与海底相通的地方,但是不知道在什么地方。如果找到那里也许能发现克劳特。