在「阿泥马」中,呆子蒙和祖先阿泰尔同步,重新经历过阿泰尔的冒险过程,逐步搜集资讯,因为阿泰尔很厉害,当玩家做出太逊的事,譬如说一直挨扁,或是很笨的摔到挂,同步就会失败,所以游戏中,被「打死」的时候,会跟你说是「同步失败」。

在一代的最后,呆子蒙同步到看到「伊甸的碎片」分布在地球上的位置投影,此时圣殿骑士团的邪恶企业「阿不死的狗」已经得到所需的资讯,就把他从「阿泥马」拉出来,打算杀了他灭口,但女科学家露西(Lucy Stillman)却救了他,原来露西是刺客组织潜入「阿不死的狗」的间谍。

露西带他去见两位刺客组织的人,一位是历史专家肖恩‧海斯汀(Shaun Hastings),一位是电脑专家丽贝卡‧克琳(Rebecca Crane),他们两人协力打造了刺客组织版本的「阿泥马」,叫「阿泥马2.0」,这次他们要呆子蒙同步他的另一位祖先,十五世纪义大利的传奇刺客艾吉欧,这就开启了二代的故事。

刺客信条 II

当呆子蒙同步艾吉欧的冒险历程到最后,打倒了圣殿骑士团头头,也就是那时的教宗,并抢回了「伊甸的苹果」,艾吉欧发现教宗的十字架,也是伊甸碎片的一部分,称之为「钥杖」,结合了「苹果」和「钥杖」以后,他进入一间神秘的密室,裡头是外星结构,有个外星女人的投影自称密涅瓦,即罗马神话中的智慧女神与女战神(常译为米奈娃)──她在希腊神话中的名字我们更熟悉,就是大名鼎鼎的雅典娜──密涅瓦表示自己身为先进古代超文明,讲了一些文明多先进、历史多悠久之类的屁话,总之她警告呆子蒙2012年会有毁灭全球的大灾难。

就在这时,「阿不死的狗」找到他们,攻了进来,呆子蒙一行人只好逃走,逃亡的过程中,露西发现地球的磁场有漏洞,要知道太阳常常会放射强力辐射性的太阳风,都是地球的磁场挡住,在磁场较弱的南北极,我们会看到极光,就是太阳风打在大气层上所发出的,露西预测太阳将要发出强大的闪燄,要是地球的磁场有漏洞,那全人类都会被太阳风给烤死,露西认为那就是米诺娃所预言的大灾难。

刺客信条:兄弟会

为了阻止大灾难,只好再让呆子蒙去同步艾吉欧,这就是「刺客信条:兄弟会」的剧情,最后终于找到