这两个组织从古代一直缠斗到现代,圣殿骑士团到了现代,开了一家「阿不死的狗(Abstergo)」的科技公司作为掩护,进行他们的邪恶勾当,「阿不死的狗」发明了一种机器,叫「阿泥马(Animus)」,专门用来追踪「DNA记忆」,想要藉此找到「伊甸的碎片」。
所谓伊甸的碎片,是一个神器碎裂开来以后的许多碎片,其中最主要的是圣经伊甸园故事中的「伊甸的苹果」,具有催眠、操控人心的超自然力量,想「和谐」全世界的圣殿骑士团当然最想要这种神器了。
所谓DNA记忆,就是你的祖先所干过的事,都会记录在DNA之中代代相传,为了找到「伊甸的碎片」,圣殿骑士团锁定一个在历史上与「伊甸的碎片」有关系的刺客──十字军东征时代的传奇刺客阿泰尔──找出他在现代的后代子孙,绑架他们,然后放进「阿泥马」,想从他们身上榨出相关资讯。
我们的主角,老玩家们人称「呆子蒙」的戴斯蒙‧迈尔斯──片头影片中本来在喝酒,却被绑走放到奇怪机器(就是「阿泥马」)上的那个──就因此在刺客信条一代被圣殿骑士团绑架去了。