北原
刚跑到北原山腰,就遇到黄衣尊者。原来他料到飞羽会来,并切为了抢功,独自守侯在此。黄衣尊者施展法术,将众人吸入法阵。
回忆之殿
朝云醒来后,发现自己被困在法阵之中,队友全部失散。此时黄衣尊者现身,告诉他破解法阵的方法,然而要破除法阵,必须先要体味内心深处最痛苦的回忆。
朝云一路前行,每解一颗晶石,便回忆起自己从小因战争失散的姐弟。而在解开第三颗晶石的时候,更是看到姐姐的死去。受此打击的朝云没能察觉到有怪物向自己袭击,及时赶来的队友协助朝云一起打败敌人。
战胜怪物后,朝云醒悟到,第一二颗晶石出现的是真实的回忆,而第三颗晶石则是根据回忆而产生的幻像,黄衣就是要借用此方法削弱众人,趁机打倒众人。朝云将想法告诉队友后,同队友一起去解剩下的晶石。
解完晶石后,走到迷宫尽头,发现有一身着白色铠甲之人,此人似乎是已故的飞羽最高领导人——持国使,而朝云从他的声音分辨出,面前之人是自己师父。
横艾识破其伪装,告诉众人面前之人乃黄衣假扮,随即展开一场激战。战胜黄衣后,由于行踪暴露,众人决定先返回大营。
飞羽大营
回营后不久,又接到新的任务。
司马懿坚守不出已经许多时日,诸葛亮决定以激将法使其出战。于是派遣一使者将一女装送予司马懿。多闻使让朝云和横艾护送使者前往。
北原魏营
司马懿欣然接受诸葛亮赠送之物,并向使者表示感谢,还问起诸葛亮最近饮食起居状况。而魏营将兵见主帅受辱,心中不忿。
出了营帐,由于不满汉军的羞辱,牛金截获众人,欲找众人出气。连战几场后,司马懿闻讯赶来,斥责了魏方将兵,并向汉军使节道歉,让众人安然离去。
伙伴支线:司徒蔷
飞羽大营
多闻使告诉朝云,目前由于粮草又将告罄,诸葛亮决定采取屯田政策,以解粮草不济之难题。而近日,感受到威胁的司马懿时常是北原高丘探察汉军屯田情况。于是下达新任务,让飞羽去北原高丘活捉司马懿。
可接任务:祸从口出(许家堡)
北原高丘
登上北原丘顶,司马懿显然对飞羽的到访猝不及防,乌衣尊者的及时出现,为其化解了危机。
独自一人的乌衣,不是众人的对手,只得施法遁逃。
飞羽大营
北原袭击司马懿失败之后,又一个新的计划出现在众人面前。
借司马父子打猎之际,商横化成白鹿诱其进入葫芦谷,而羽之部则准备好火油、火药埋伏在谷内,等司马父子入谷后,堵住两端出口,在谷内伏击他们。
朝云向队友交代任务之时,横艾在山崖上收到符鸟带来的一个红色的玉佩,让其不敢置信。
可接任务:买了几份饼(洛阳)
葫芦谷
计划似乎非常顺利,司马父子成功上钩进入谷内。顿时谷内火焰冲天,就在司马父子即将丧命之时,赤衣青衣出现在谷内,施法祈雨,浇熄了谷内大火。
不甘即将成功的计划被铜雀尊者破坏,朝云使出浑身力量将剑气射向司马懿。四散的剑气击中了紫衣尊者,使其深受重伤。恋人受伤,赤衣怒气不可遏制,意图向飞羽复仇。然而担心紫衣伤势,和青衣一起护送紫衣离开。
飞羽大营
由于屯田效果不佳,粮秣再次告急,而孔明此时因后主的置疑,决定向全国征粮,以供汉军北伐,并且在必要时可以收割民麦。
众人回到营地,增长使要求朝云一人独自前去接受新的任务。到达帅帐,朝云得知新任务是刺杀诸葛亮,不禁大吃一惊。而更让他吃惊的是,这竟然是已故的持国使下达的任务。
随即,多闻使和增长使向朝云讲述了持国使复活一事,之前让他们找的雪山玉参和巫山瑶花正是为了让持国使复活。二使告诉朝云,持国使正在山崖等候,他可以去见他,然后再下决定是否执行任务。
山崖
朝云到达山崖后,赫然发现眼前的老人就是当日在箕谷小村遇见之人,同时也是飞羽最高领导人——持国使。
老人向朝云表示他记忆已经恢复,并且表明了自己身份,朝云才知道持国使就是昔日传授自己武艺的师父,以及他真实的身份。
飞羽大营
见过持国使之后,朝云表示接受任务,并且通知其他伙伴,征求各自意见。端蒙得知有机会刺杀诸葛亮,喜出望外。而强梧则坚决表示反对此行动,见众人决意刺杀计划时,强梧退出羽之部。
观星台
到达观星台,朝云表示此次任务只是刺杀诸葛亮,喜欢大家不要伤害其他大汉士兵。在打败马忠和廖化后,众人来到台顶,准备刺杀诸葛亮时,白衣尊者突然出现,保护孔明。
和白衣一战后(胜负均不影响游戏进行),白衣誓灭飞羽以报飞羽杀其义父张郃之仇。
然而诸葛亮组织白衣行动,就在二人争执之时,众人借机逃走。
飞羽大营
朝云由于对刺杀行动仍然疑惑不已,决定暂时放弃刺杀行动。在禀报任务失败之后,得知强梧说服飞之部成员,脱离飞羽,并前往北原刺杀司马懿。不久前接到商横传来的符鸟,得知众人遭袭。朝云听后,决定前去救援。
伙伴支线:马弃
北原
众人到达北原,见商横已亡,昭阳重伤,而强梧、游兆二人不知所踪。对昭阳进行一番救治后,昭阳向众人讲述了遇袭一事。
横艾将昭阳收入炼妖壶,将起带回营地进行治疗。
飞羽大营
回到大营,徒维向朝云表示,昭阳受伤颇重,恐回天乏术。
夜里,横艾在山崖上收到符鸟,看完传来的信息,不禁痛哭流涕。
次日,多闻使紧急召见朝云,说接到敌人发来的威胁信。信中说,若要救回强梧和游兆,就来绝命崖一行。然众人都认为这是魏军布下的陷阱。
绝命崖
朝云独自来到绝命崖,不料耶亚希察觉到朝云的异常,偷偷跟来。为了不让耶亚希受害,朝云将其赶退。
到达约定地点,朝云看到游兆的尸体,以为强梧也已遇害,不料暗处射来一支冷箭,而这正是强梧所发。
强梧因无法接受朝云刺杀诸葛亮一事,便利用游兆尸首做诱饵,以此来击杀朝云。
朝云寡不低众,身中数箭,意识逐渐模糊。等到醒过来之时,发现耶亚希竟然背负着自己,逃了出来。然而,没逃多远,再次被强梧追上,在危急时刻,朝云用剑气为耶亚希所铸的双手,化为一双翅膀,带着朝云脱离险境。而朝云也因此事接受了耶亚希的感情。
飞羽大营
昭阳最后还是不治身亡,众人遵循他的遗愿,将其骨灰带回箕谷小村的家乡。
箕谷小村
众人将昭阳的骨灰交给其祖父母,并将其骨灰撒在了故乡的山野间。
飞羽大营
夜里,端蒙来到朝云营帐,希望朝云能再次刺杀诸葛亮。朝云表示目前在解开心中的迷惑之前,暂时不会进行行刺。端蒙表示如果朝云能帮忙刺杀孔明,她愿意献身给朝云,并解下了自己的衣裳。然而朝云依然坚持自己的立场,最后端蒙黯然离去。
翌日,尚章告诉众人端蒙留书出走,前去刺杀诸葛亮。众人大惊,横艾以符鸟探察出端蒙正潜伏在观星台,伺机行刺,于是出发前往观星台。
观星台
等众人到达台顶之时,端蒙已经被白衣打倒,奄奄一息,须臾,魂断香消。众人悲痛不已,。
朝云此时怒不可遏,挥动剑气射向白衣,而凌厉的剑气也以意外的击中诸葛亮。
此时,强梧赶来,让白衣快带丞相离开,自己留下断后。一对昔日好友在此决裂。
战胜强梧后,强梧不愿接受朝云的救治,自尽而死。
看着昔日的战友一个个的离去,而自己昔日坚守的信念也受到动摇,朝云决定再找持国使问个明白。
飞羽大营
朝云见到持国使,问到以其地位和身份,为何不劝阻孔明北伐,而要使用刺杀这种激烈手段。持国使告诉朝云,他之前已经用赵云的身份见过孔明,而两人因“苍生”和“大义”起了激烈争执。同时,赵云也转问朝云:在苍生和大义面前,你如何选择?
朝云几经思量后,心中已有了自己的决定。
赵云心中也浮现起昔日和孔明下棋的情景。
翌日,多闻使告诉众人,孔明还活着,并且如常人一般,耗无受伤之相。众人在一番讨论之后,赵云表示自己已经不再对飞羽做任何决策,让朝云自行决定。
此时,朝云坚定不移得选择了再次刺杀。
观星台
众人再次前往观星台,而赵云也要求和众人同行。
一路击败张翼、马岱和姜维,众人来到诸葛亮之处。白衣再次赶来。
白衣表示希望和朝云在另一地点单独决斗,朝云担心同伴受到波及,答应了白衣的要求。二人来到观星台顶,进入白衣用盘古斧划开的空间之内进行殊死决斗。
在等待了许久之后,终于有人从时空的裂缝中出来。看到出来之人一头白发,众人以为朝云落败,而只有横艾看出,回来的是朝云。
原来白衣和朝云是孪生兄弟,同是轩辕剑的双生子,在决斗之后,二人合为一体。
孔明之所以上次中了剑气后还能获下来,就是因为白衣暮云为他用剑气续接了心脉,如今暮云已死,孔明也时日无多。他希望最后再看看大汉的将士,大汉的营地一眼。赵云将他推上观星台顶。
此时,赤衣尊者突然出现,原来她是为曹叡报仇而来。愤怒的赤衣魔化而变身,横艾出言阻止,并称其“妹妹”,然而赤衣不为所动,向众人袭来。
赤衣被打败后,恢复原形,尚章质问她是否就是杀死游兆等人的凶手,并要为其他飞羽战士报仇。横艾阻止了尚章,并抱起死去的赤衣,向众人道别,飞回了巫山。