《虐杀原形》全剧情解析（多图|剧透）
那麽，要理解整个《Prototype》的剧情，第一件事就是要弄清楚Alex Mercer的身分。
Alex Mercer究竟是谁？
Alex Mercer是生物科技公司Gentek旗下的生化武器计画之一，Blacklight（黑光计画）的研究员。Blacklight的目的是利用特殊生物样本，也就是Elizabeth Greene，研发出针对性的病毒武器，是政府／军方出资的黑计画。由于Blacklight计画风声走漏，军方决定派出病毒／生化危机处理小组Blackwatch（黑色守望）将整个计画封锁，并处理掉所有的相关人事。Alex Mercer察觉事情不对劲，便开始私下调查，并且利用自己的妹妹，要求她从外部协助。
当Alex发现军队将肃清Blacklight／Gentek后，他决定自保。他把收集到的资料（笔记型电脑）寄给妹妹，自己则把Blacklight病毒偷出实验室，认为这样就能要胁军方。然而，Blackwatch在Penn Station找到了他，而且无意妥协；眼看自己无路可逃，注定命丧于此，Alex Mercer决定拖全纽约市的人一起陪葬，打破了装满Blacklight病毒的试管。虽然Blackwatch立即将他枪杀，但为时已晚，病毒已经散布了出去，开始感染纽约市民。Alex Mercer当场死亡，现场的高浓度Blacklight病毒吞噬了他的尸体以及零碎的记忆，成为Prototype（Blacklight原型体）。
Alex Mercer的尸体是Prototype第一个吞噬的对象，因此他的外观成为Prototype的预设外表；而且，就和游戏中Prototype吞噬其他人所获得的记忆片断一样，Prototype只取得了Alex Mercer一部分的残馀记忆（乃至于人格），这也就是游戏开始时Prototype／伪Alex Mercer会「失去记忆」的原因。Prototype对失去记忆／病毒感染的始作俑者怀抱著的莫名复仇心，也能从Prototype还残存著Alex Mercer生前对Gentek／军方抱持的畏惧与恨意来解释。
Elizabeth Greene又是谁？她和Blacklight（Prototype）有甚麽关系？
1963年，美国军方在爱达荷州的荷普镇（Hope，Idaho）进行特殊进化病毒实验，以动物作为实验对象。1964年，军方开始人体实验，将病毒（日后的Blacklight）注入所有荷普镇民的体内，原本的目的只是为了开发出可针对特定人种／种族生效的病毒武器。起初没有任何的变化（除了1965年出生的婴儿体内出现分化的新种病毒），直到1968年，镇民开始出现奇异的集体行为，接下来全镇瞬间陷入病毒感染，感染的核心就是19岁的Elizabeth Greene。军方杀害了所有的感染者，只留下Elizabeth Greene，并将她拘禁起来，继续病毒研究。作为19岁高加索人种女性的Elizabeth Greene已经不存在，军方／Gentek所囚禁的是具有Elizabeth Greene外观的Blacklight病毒综合体，这个病毒综合体拥有集体意识，能控制其他的感染者，与荷普镇的情况相同。
由剧情中Karen Parker发现两种病毒来研判，Alex Mercer窃走Blacklight的病毒应该是Elizabeth Greene体内Blacklight母株的分支、变种或改造株，这也是Elizabeth Greene对Prototype／伪Alex Mercer说「我是你的母亲」的原因。
Elizabeth Greene于1969年感染爆发时怀有身孕，她与她的儿子（代号Pariah）在荷普镇事件后均为军方所接管。荷普镇镇压行动的负责人为现今时间点镇压纽约感染的Peter Randall将军，时为中尉，当时他因为左手在接触Elizabeth Greene／Pariah时遭到感染，而自断一臂。
Karen Parker不是Alex Mercer的女友吗？为什麽会突然背叛他？
Karen Parker和Alex Mercer都是Gentek的员工，在Gentek创办人Raymond McMullen手下工作。感染爆发后，Karen Parker成为军方肃清的对象，逃亡失败而被Blackwatch捕获。为了自保，她和军方合作，利用Prototype记忆裡残存的爱情印象，卧底监控Prototype的行动。她并没有背叛Alex Mercer；她很清楚Alex Mercer已经死在Penn Station。出现在她面前、向她求援的是病毒综合体Prototype。
在游戏中，玩家达成特定条件后可以找到Karen Parker，向她复仇。
Ragland医生是谁？为什麽他会知道Prototype／伪Alex Mercer身上的病毒，而且还能製作抗体？
Bradley Ragland是生医领域的专家，曾因为拒绝为Gentek工作而被全面封杀。他后来转而进入病理学界，在圣保罗医院担任病理学家，长达十年。曼哈顿爆发病毒感染后，他率先察觉事有蹊跷，试图回报疾病通报体系，却被军方／Gentek暗中阻挠。他想带著病毒样本逃出纽约时遭到Blackwatch拦截，Raymond McMullen（McMullen当年封杀Ragland在生医界的前途）允许他继续研究病毒，条件是不得向外通报或洩漏任何有关Blacklight的消息。
Cross为什麽最后会变成Supreme Hunter？他何时被感染／吸收的？Supreme Hunter到底是甚麽鬼玩意？
Supreme Hunter源自用来对付Prototype的病原体。Robert Cross用针筒将病原体注入Prototype／伪Alex Mercer的体内，开始以寄生体的方式侵蚀Prototype。但Prototype藉由Ragland的协助，将寄生体排出体外，这支寄生体后来被Prototype当成对抗Elizabeth Greene的武器，但是却无法产生效用。病原体被Greene转化后排出体外，成为Supreme Hunter。
牠具备吞噬与吸收的能力（极可能是因为寄生Prototype而来），这点可以从与Prototype首战之后，Supreme Hunter碎裂的尸块仍具生命力而得知；虽然游戏中没有明确透露Robert Cross被吸收的时间点，但Cross开始匿名接触Prototype前极有可能已被感染／吸收，而且是被Supreme Hunter吞噬。
首先，游戏过场中Cross在感染者的感染视觉中呈现被感染的亮黄色，表示Cross已被感染；再者，Prototype／伪Alex Mercer与Cross两人在过场中讨论他被寄生的经过时，Cross问Prototype「有没有想过寄生体是否有感觉」这件事，可以推测出Cross与寄生体／病原体／Supreme Hunter的关联。同时，「寄生体是否有感觉」这句话透露出Supreme Hunter和Prototype一样具有个体意识，不受Greene／感染者集体意识操控－－牠与Prototype合作消灭Elizabeth Greene与军队，是出自个体利益与自我生存的考量:除去潜在的操控者（Greene）与威胁（军方）后，再吞噬Prototype，Supreme Hunter便能拥有独一无二的力量，确保自己的生存。
游戏的结局就这样没了？Dana Mercer呢？游戏的尾声，Prototype认清了自己并非Alex Mercer，也不仅是Alex Mercer；他自认承载所有被吞噬者的记忆，也背负起所有被吞噬／杀害者的性命，并一肩扛起Alex Mercer感染Penn Station乃至全纽约的罪孽。Dana Mercer状况不明，不过既然Prototype已经认清自己不是Alex Mercer／Dana Mercer的兄长，会刻意迴避Dana是可以理解的。
Prototype虽然暂时脱离军方掌控，但Blackwatch／军方手中仍然有Elizabeth Greene之子，Pariah，Blacklight的研究仍可继续。
《Prototype》剧情解析到此告一段落，欢迎提问与补充。
