《合金装备崛起:复仇》的剧情设定于《合金装备4》之后,主角雷电所属的民间军事警备会社(PMSCs)-Maverick Security Consulting,受雇于非洲某国在其内战后担任军事警备与训练的工作。然而就在这个国家正要开始复兴之时,却突然遭受以「亡命之徒」Desperado为名的另一间民间军事警备会社->Desperado Enforcement率领大批生化改造人袭击,身为该国和平象徵的首相不仅惨遭刺杀,就连雷电也在强敌Samuel Rodrigues的高超剑术下失去了左眼与左手......。而就在攻击事件发生的三週之后,更换了全新生化躯体的雷电抵达了与Desperado Enforcement拥有军事合作关系的国家阿布哈兹,他除了要从恐怖份子首脑Dolzaev手中夺回首都之外,更将展开自己的复仇之战......。
位于从战乱中复兴的非洲某国,该国的首相是当地和平的象徵
担任其护卫的雷电
首相的车队却突然遭到不明人士与大量的生化机械人袭击