由于《孤岛惊魂3:血龙》无论是在游戏操作与系统上,全都是基于《孤岛惊魂3》来进行製作,因此对于接触过该作品的玩家们而言就有如无缝接轨一般,完全不需要任何的教学也能够快速上手。而首次接触本作的玩家们也完全不需要担心,游戏前期依然会为了新手们提供大量的操作指示与教学,数量多到甚至连主角也不禁会在一旁吐槽:「麦搁来啊!」。《孤岛惊魂3:血龙》的游戏系统与《孤岛惊魂3》相比有著相当程度的简化:首先在技能方面,某些以往需要解锁与配点才能习得的如连锁暗杀、空中暗杀等技能,主角不仅在游戏一开始就已经能够使用,而在删除了技能树的系统之后,原先的三大技能系统:苍鹭、鲨鱼与蜘蛛也经过了整合,玩家们只要达到了特定的等级后就能够直接习得。而在游玩模式方面,除了游戏的主线剧情任务之外,《孤岛惊魂3》中的攻占敌军据点任务也依然健在。此外由于在本作中并没有启动电波塔的任务,因此玩家如果想要获得新的武器或是相关的改造零件,就必须透过达成救援与猎杀两种支线任务来取得。